In seiner wissenschaftlichen Tätigkeit beschäftigte sich Otto Koenig mit dem Bereich des angewandten Umweltschutzes, der Verhaltensforschung und der Entwicklung von Kulturen. Er entwickelte insbesondere die Forschungsrichtung der Kulturethologie, die sich mit der Veränderung von kulturellen Artefakten auseinandersetzt und diese mit biologischen Entwicklungen in Beziehung setzt.
Die Otto Koenig Gesellschaft hat sich in ihrer wissenschaftlichen Aktivität besonders der Kulturethologie angenommen. Sie unterstützt regelmässig einschlägige Publikationen und ist für die Organisation der Matreier Gespräche verantwortlich. Bei dieser wissenschaftlichen Tagung werden jedes Jahr im Dezember kulturethologische Themen in einem multidisziplinären, internationalen Gesprächskreis erörtert.